Budowa Centralnego Portu Komunikacyjnego sprzyja również inwestycją kolejowym na Pomorzu. Rozbudowa systemu transportowego jest jednym z najważniejszych elementów powstania CPK. 

W związku z planami inwestycyjnymi dotyczące inwestycji kolejowych, powstanie nowa trasa kolei dużych prędkości na odcinku Gdańsk-Grudziądz. Dokonana będzie również naprawa i modernizacja linii Gdynia-Słupsk. Na obie te nie restytucje rząd przeznaczył prawie 5,5 mld zł. 

Planowana jest również inwestycja kluczowy ciąg kolejowy Gdańsk-Warszawa. Ma zostać wybudowany na tej trasie odcinek kolei dużych prędkości, który pozwoli na pokonanie drogi z Gdańska do Warszawy w czasie krótszym niż 2 godziny. Obecnie trwają prace nad wyborem pomiędzy dwoma wariantami tej trasy. Jeden z nich zakłada wykorzystanie części istniejącej infrastruktury PKP, drugi zaś postuluje budowę zupełnie nowej linii kolejowej.